Вилучення нефростоми виробляється в стерильній операційній. Перед вилученням пристрою потрібно оцінити, чи може сечовидільна система функціонувати самостійно. Для цього трубка заповнюється спеціальним розчином. Під час рентгенографії він забезпечує органам чітку перегляданість.
Заміна нефростоми проводиться лікарем у поліклініці. Він знімає стару трубку та вставляє нову під наглядом УЗД. Потім фіксує трубку пластиром. Процедура займає менше часу, аніж перша установка.
Отвір від нього зазвичай гоїться самостійно через 10-14 днів при правильному догляді за раною – обробкою антисептиками та накладенням стерильних пов'язок.